MISA được dùng làm phần mềm trung tâm vì đây là nơi người học thực hành các nghiệp vụ kế toán gắn với dữ liệu phát sinh trong doanh nghiệp: nhập chứng từ, hạch toán thu - chi, theo dõi tồn kho, bán hàng, phải thu và lập sổ.
Excel được đưa vào cùng MISA vì nhiều bước trong kế toán tổng hợp cần xử lý bảng kê, theo dõi số liệu, tổng hợp chứng từ và hỗ trợ kiểm tra logic trước khi lên sổ hoặc lập báo cáo.
Cách kết hợp MISA + Excel khá hợp lý cho người mới và người đang muốn làm thực hành kế toán thực tế, vì người học vừa hiểu nghiệp vụ, vừa quen với workflow nhập liệu - đối chiếu - tổng hợp số liệu trong công việc kế toán hàng ngày.